Im Jahr 2006 rief der Münchner Allgemeinarzt Dr. med. Dieter Pöller (1924–2017), musikbegeisterter Sohn einer Sängerin und eines Arztes, das Münchner Ärzteorchester ins Konzertleben. Es hat frühe Wurzeln im jahrelang von ihm geleiteten Münchner Instrumentalensemble (ab 1969) und spätere in der anfangs noch recht eigenständigen Münchner Sektion des 1989 ebenfalls von ihm gegründeten und bis 2004 dirigierten Deutschen Ärzteorchesters.
2015 übernahm Miriam Haupt die Leitung des Orchesters bis 2024. In dieser Zeit hat sich das Orchester von einem vorwiegend barocken Streich- und klassisch-sinfonischen Ensemble hin zu einem Sinfonieorchester weiterentwickelt – mit einem immer breiter gewordenen Repertoire, das zunehmend auch spätromantische Werke umfasst und dementsprechend in größeren Konzertsälen zur Aufführung gelangt.
2024 wurde das Orchester von Uwe Sochazcewsky sowie Markus Hein für zwei wunderbare Projekte geleitet.
2025 hat Thomas Mandl das aktuelle Projekt übernommen.